Boa noite!
Já falaram disto cá no fórum mas não me parece que tenha sido aprofundado, em alternativa ao AVRStudio que só corre em windows, é possível programar os microcontroladores AVR (incluindo o Arduino) em qualquer plataforma usando o Eclipse e um plugin adicional.
Instruções em português aqui:
http://therandombit.wordpress.com/2011/10/26/eclipse-em-vez-do-avrstudio-em-linux/
Não apresentei a maneira de incluir as bibliotecas do arduino, porque não tinha interesse nisso, por duas razões: 1) é relativamente fácil de encontrar na internet - google it! e 2) há mais controlo sobre o que realmente está a correr assim
