Bom, com as seguintes alterações tenho o circuito a fazer o que quero.
a) O load passou da resistencia+led para uma fan de PC (12V), que no fundo era o meu objetivo quando peguei neste circuito, controlar a volocidade de uma fan;
b) A tensão passou para 12V;
c) O pot passou de 10k para 100k, parece não fazer diferença relativamente ao comportamento do PWM nos limites mas facilita o controle;
d) O transistor passou do BC557 para um BD140, dado que as fans que tenho não ultrapassam os 200 mA é um bocado overkill (e, para variar , o transistor agora está bem ligado [ECB]).
O único problema que ainda tenho, provavelmente não poderá ser eliminado, mas abaixo de um certo valor a ventoinha faz um barulhito. Como testei com duas ventoinhas diferentes (mas ambas só com 2 fios) e ambas fazem o tal barulho, parece-me ser mesmo feitio.
Com o load da fan e ter passado para 12V a onda parece mais decente no DSO-138, só o trigger é que ainda me ultrapassa e acabo sempre por o perder num dos extremos.
https://youtu.be/luCYA32fIHo
Obrigado a todos pela ajuda.
O passo seguinte será passar isto para um proto board que poderá ser qq coisa do estilo:
(https://lusorobotica.com/index.php?action=dlattach;topic=9158.0;attach=4252)