Tens ISP para maior parte dos ATtiny e todos os atmegas, tens PDI para os ATXmega, tens TPI para os attiny de 6 pinos, tens JTAG para a familia SAM e se não estou em erro para os micros da atmel com core ARM, tens HVSP e HVPP que é high voltage parallel programming/ serial programming, neste modo o pino de reset é alimentado a 12v e entras num modo de programação que te permite alterar fuses e tambem programar flash e eeprom do micro, é basicamente o que se usa para recuperar um micro depois de alterares erradamente os fuses.
Quanto aos fuses só te podes fechar do ISP de uma maneira, desactivar o RSTDISBL, o que isto faz é tornar o reset num pino de IO, se o reset não tens ISP, o fuse do ISP não é possivel de se alterar em modo ISP para evitar ainda mais micros trancados, de resto a unica coisa errada que podes fazer é meter o clock como oscilador, mas isso é dar-lhe uma onda quadrada de 1-4Mhz no Xin que estás safo.
Os fuses é algo muito facil de se usar, se tiveres duvidas, é só dizeres, mas é sempre a mesma coisa, activar brown-out, e o clock é sempre full swing crystal e escolhes um tempo de startup, tipicamente meto sempre 1k ciclos mais 4.1ms só para ter a certeza que o clock está estavel, isto com cristais mesmo, com ressonadores podes dar-lhe mais tempo, tipo 64ms se não estou em erro, desactivar o clkdiv que divide o clock por 8 e está feito, não é preciso mexer em mais nada, em nunca mexo nos fuses via avrdude, uso o AvrStudio, tem um GUI todo bonito que te explica tudo para não fazeres asneira.