A diferença é só mesmo o tamanho do bootloader, e se queres um pequeno tens montes de bootloaders pela internet fora para usares, até bootloaders oficiais da Atmel tens, e várias variações espalhadas pela internet fora.
Acho que é um fail tremendo fazer um bootloader, que é basicamente uma cópia de uma App-note e fazer porcaria, parece que não testam nada do que fazem, cada vez mais parece que dizeram que são do MIT ou que estudaram debaixo da ponte é a mesma coisa.
